Село Негушево е разположено в най-източната част на Софийската котловина, където въпреки оскъдните сведения се знае, че поселища се създават още епохата на античността и средновековието. В землището на с. Негушево са запазени останки от тракийско светилище и от средновековна крепост, но точни сведения за създаването на Негушево няма. Предполага се, че е възникнало около 1182 година в земите на местността “Селището”. Същестувало е, когато от тук преминава пре 11443-1444 г. кръстоносния поход на полско-унгарския крал Владислав III Ягело и Янош Хуниади, отправили се на кръстоносен поход срещу османците. Вписано е, като средно голямо село с 52 домакинства /над 200 души/ в тимарски регистри от 1444-1445 г и е плащало данъци в размер на 4 167 акчета, а Илиас, син на Тути Хазър, който го получава с берат от султан Мурад.
Достигнало е до 400 къщи и е просъществувало до около 1715 година, когато е унищожено от Синап паша, жесток тиранин. Избягалите жители се пръснали из цялата страна, малка част се заселват на мястото на днешно Горно Негушево. От селото има трима опълченци, а в Руско-турската освободителна война са загинали единадесет руски войници и офицери. Признателното население им е издигнало паметници.В Негушево са идвали Васил Левски и Димитър Общи, отсядали са в къщата на Гешо Пекунчов и Неделко Карастоянов, но няма сведения за създаден комитет.
Негушево, съхранило атмосферата и чара на тези отминали времена е нерезделна част от историята на целия район в тази част на Софийското поле и Предбалкана.
Софийско котловинно поле през османската епоха е една от гъсто населените части на българската етническа територия. Неговият добре добър климат и плодородие са оценени още от османския завоевател Лала Шахин паша (XIV век), който го оприличава на “истинска райска ябълкова градина”, предлагаща изобилие. Имената на селищата тук най-вероятно са от времето на Второто българско царство (1185-1393), защото най-ранните сведения в тези им форми се откриват из османските данъчни регистри (дефтери) от първата половина на XV век. В тях са са описани данъкоплатците в новозавладените християнски земи на Балканите. С тези си имена и местоположение селища от източната част на Софийската котловина се срещат из всички османски и български исторически извори от епохата на османското владичество и Възраждането (ХV-ХIХ век).
София и Софийско имат стратегическо военно и транспортно местоположение - на основния път - Диагоналния път (Via Singidunim), свързващ още от епохата на късната античност Изтока и Запада - от Цариград за Виена. През ХV-ХVII век София е задължителен маршрут и спирка за лагеруване на армиите, преминаващи в двете посоки. През 1443-1444 г. в града пребивават войските на крал Владислав III Ягело и Янош Хуниади, самоуверено отправили се на кръстоносен поход срещу османците, през XVI и XVII век в Софийско многократно лагеруват османски армии, отправящи се или връщащи се от завоевателни походи към Белград, Будапеща и Виена през 1592-1606, 1683-1699 г.Османските военни (спахийски дефтери) и данъчни регистри (джизие-дефтери) от ХVI-ХVII век ни разкриват източната и западната част на Софийското поле като плътна и равномерна поселищна система. След падането на България под османска власт (1393 г.), селищата в Софийско са описани от османския фиск и са раздадени като дребни приходоизточници (тимари) на спахии от османската конница. Срещу получаваната годишна рента те са длъжни да се явяват под бойните знамена при обявяване на свещена война (джихат).
В най-ранните тимарски регистри от 1444-1445 г. откриваме с. Село “Нигушеве” (дн. Негушево) с 52 домакинства, 7 вдовици и приход от 4 167 акчета, е тимар на Илиас, син на Тути Хазър, който го получава с берат от Мурад.
Въпреки често причиняваните от османскте войски разорения, според регистър от времето на султан Мехмед III (1595-1603) в Софийската котловина има 219 селища със 763 градски и 8476 селски домакинства (ханета) или ок. 46 195 жители.
156 селища са населени само от българи.В кратък данъчен регистър (иджмал дефтер) от 1640 г. фигурират селата “Малкочева” (дн. Макоцево) с 12 домакинства (ок. 60 души), “Нигюшева” (дн. Негушево) с 40 домакинства (към 200 души), “Малина-и зир” (дн. Долна Малина) с 21 домакинства (ок. 105 души).
Приведените историческите демографски проучвания сочат, че през XVII век християнските села в Софийско образуват гъста равномерна мрежа. Повечето от българските села спадат към категорията на малките (с население до 20 домакинства или 100 души) и средно големите селища (с население между 21 - 50 домакинства или 105-250 жители), сред които е Негушево. Както се вижда от изброените по-горе имена, в епохата на османското владичество населението запазва своя изцяло славянски характер. Повечето от селата имат свои християнски свещеници, които поддържат православната вяра на населението и се грижат за неговите духовни и обредни потреби.
През ХVI-ХVII век част от жителите в селищата на Софийския вилает активно се занимават с овцевъдство (джелепкешанство) - отглеждат и снабдяват големите градски агломерации като столицата Цариград, гр. Одрин и др., както и османската армия. Чрез джелепството отделни представители на християнско население (рая) на Балканите през ХVІІ и XVIII век развиват своята предприемчивост, успешно търгуват с княжествата Влашко и Молдова, с Трансилвания и Австрия. Тези българи натрупват състояние, което укрепва тяхното национално самочувствие и достойнство и им дават възможност да отделят средства за своята духовност, книжовност и образование. Според подробен регистър на овцевъди (джелепкешани) в Софийско от 1576 г., облбжени с данък върху овцете (джелепкешан-и агнам) са и следните, поименно посочени българи. В с. “Негушевe” (дн. Негушево) джелепи са Криве Стайне, Ралчо неверника и гъркът Яни. През XVIII век за нуждите на османската държава овце доставят джелепи от общо 133 села от Софийската кааза.
Интересни са сведенията и в запазените наследствени описи от XVIII век, вписани в съдебните регистри на кадийския съд в София. Те отразяват взаимоотношенията между селското население от региона и софийските лихвари и откупчиците на данъци - предимно мюсюлмани. В описа на наследството на починалия жител на София Чолак Осман (1762 г.), подлежащо на разпределение между неговите наследници, фигурират Миладин и синовете му от с. Негушево - 990 акчета
.
За просветния и църковен живот в селищата от източната част на Софийската котловина през ХVI-ХVIII век са запазени оскъдни данни. Духовността и книжовността на българите-християни в епохата на османското владичество е концентрирана най-вече в източноправославните манастири. В Софийското поле, съградени по различно време, някои още от Средновековието, действат общо 13 манастира. В подножието на Софийската планина и Мургаш са разположени манастирите “Св. Никола” (край с. Сеславци), “Св. Георги” (между с. Сеславци и с. Кремиковци), “Св. Архангел” и “Св. Мария Магдалена” (край с. Бухово), “Св. Петка” (край с. Желява) и “Успение Пресвятая Богородица” (край с. Елешница). В тях монасите преписват и подвързват ръкописи, съхраняват писмеността и книжовността, поддържат православната вяра на християните от околните селища. Свидетелства за това се откриват в запазените приписки по различни ръкописи от ХVI-ХVIII век. Друг способ за укрепването на православната вяра сред българите са организираните групови поклоннически пътувания до Света гора (Атон). В царския поменик на българския атонски манастир Зограф (датиращ от XVI век), се срещат имена и на българи - предимно духовни лица - от с. Челопечене и от Сеславския манастир “Св. Никола”.Показател за укрепналото национално съзнание и самочувствие на българското население от софийските села през втората и третата четвърт на XIX век е и откриването на училища и спомоществованието на български книги, учебници и учебни помагала.
Негушево е бойно поле на Западния отряд на руската армия, под командването на ген. Гурко срещу Османийската армия.
Преминаването на Западните проходи на Стара планина от главната колона започва на 13/25 декември. Среща големи трудности на м. Драгунски бивак, където наклона на стръмнината достига до 45 градуса. За изкачването на първото оръдие са необходими 15 часа. Армията нощува на се на открито при темперетура над минус 20 градуса.. На 14/26 декември частите са затрупани от снежна буря. На 15/27 декември Лейбгвардейски Преображенски полк води бой при с.Негушево иотхвърля противника към дн. Саранци. I- а Кавказка Казашка бригада излиза шосето за София.
Българи от софийските села вземат участие и в Освобождението на България.
Станой (Станоя) Недков, роден през 1851 г. в Негушево, починал в с. Осойца (Софийско). На 8 май 1877 г. 26-годишният Станой постъпва в III дружина, 2 рота на Опълчението. Участва в епичните боеве при връх Шипка (авг. 1877), където е ранен, както и в боя при с. Тича на 6 ян. 1878 г. Уволнен е от опълчението на 28 юни 1878 г. През 1879 г. се заселва в с. Осойца (Софийско) и се занимава със земеделие. Друг опълченец от с. Негушево е Недялко Стоянов, роден ок. 1860 г. На 14 юни 1877 г. 17-годишният младеж постъпва в IV дружина на Българското опълчение. По-късно е зачислен в Х дружина, 2 рота на опълчението, а на 7 авг. 1877 г. е прехвърлен в V дружина, 2 рота. Взема участие в боевете при отбраната на Шейново, където на 28 дек. 1877 г. е ранен. Уволнен е на 11 авг. 1878 г. Установява се в с. Саранци (Софийско) и се занимава със земеделие. През 1885 г. участва като доброволец и в Сръбско-българската война - първата и единствена победна война, водена от Княжество България.
Скромната медицинска помощ на българите в сравнение с другите форми на подкрепа оставя в сърцата на русите, на хилядите ранени, заболели и премръзнали войници най-дълбоки следи. Съгласно източници, за периода 1877-1878 г. едвали може да се посочи българско селище в което признателният български народ да не е оказвал всяческа помощ според възможностите си за облекчаване на болките и страданията на руските войници. Затрогваща помощ под ръководството и грижите на българина д-р Г.Цариградски и други родолюбци оказват и жителите на Етрополе, в селата Негушево, Потоп, Чурек, Саранци, Врачеш.